Overtrædelse af gødningsanvendelsesbekendtgørelsen kan medføre straf i form af bøde.
Det er det muligt at skærpe straffen til 2 års fængsel, hvis der er tale om overtrædelser, der er begået forsætligt eller ved grov uagtsomhed, og der ved overtrædelsen er:
• Forvoldt skade eller fremkaldt fare på natur m.v., eller
• Opnået eller tilsigtet en økonomisk fordel ved overtrædelsen.
Juridiske personer kan pålægges straffeansvar efter reglerne i straffelovens kapitel 5.
Det bemærkes, at strafansvar gælder, selvom man er bestilt til at udføre en strafbar handling. Det betyder, at maskinstationer også kan ifalde ansvar for ikke at overholde reglerne i gødningsanvendelsesbekendtgørelsen.
Man kan også ifalde strafansvar, selvom man ikke har kendskab til reglerne.